Im wpShopGermany Produktartikel Modul hatte ich das Problem dass die Produkte nicht über die URL erreichbar waren die mittels get_permalink() zurückgegeben wurden. Offenbar wird der Eintrag in der wp_options (rewrite_rules) nicht automatisch angepasst.
In Version 3.0.9 wird dies beim Speichern der Einstellungen des Produktartikel Moduls nachgeholt.
Wer auch das Problem hat kann es mit folgendem Befehl durchführen:
flush_rewrite_rules();